Rilevamento rapido della variante SARS-CoV-2 di Omicron (B.1.1.529) mediante un test diagnostico PCR

La variante Omicron (B.1.1.529) della sindrome respiratoria acuta grave coronavirus 2 (SARS-CoV-2) è l’ultima variante preoccupante identificata fino ad oggi. Rispetto ai metodi di sequenziamento dell’intero genoma o del gene specifico, i saggi PCR a trascrizione inversa possono essere un approccio più semplice per studiare le varianti.

Abbiamo utilizzato un test PCR diagnostico COVID-19 point-of-care per rilevare la variante Omicron SARS-CoV-2 nei campioni del tratto respiratorio di pazienti COVID-19 che erano risultati positivi per SARS-CoV-2 RNA tra aprile 2021 e gennaio 2022. Le analisi di sequenziamento hanno mostrato che 87 campioni erano positivi per la variante Omicron e 43 campioni erano positivi per una variante non Omicron (Delta, 18 campioni; Alpha, 13 campioni; Gamma, 10 campioni; Beta, 1 campione; o Epsilon, 1 campione).

Secondo i risultati del saggio PCR, i cui primer ricoprono una regione del gene nucleocapside (N) che comprende la delezione E31/R32/S33 (denominata anche mutazione del31/33), abbiamo scoperto che il fallimento/abbandono del bersaglio del gene N (cioè un negativo/basso) si è verificato in 86 (98,8%) degli 87 campioni positivi per la variante di Omicron testati. Questi risultati sono stati valutati in relazione a quelli del gene spike (S), che si prevedeva, è stato rilevato in tutti (100%) 130 campioni. Un totale di 43 (100%) di 43 campioni positivi per varianti Delta, Alpha, Gamma, Beta o Epsilon hanno avuto un risultato positivo con il gene N.

È importante sottolineare che in 86 degli 87 campioni positivi per la variante di Omicron, la mutazione del31/33 è stata rilevata insieme a una mutazione P13L, che è stata invece rilevata da sola nel campione positivo per la variante di Omicron che ha avuto un risultato positivo del gene N.

Il rapido rilevamento della variante Omicron SARS-CoV-2 nei campioni delle vie respiratorie dei pazienti può influenzare le scelte terapeutiche, poiché è noto che questa variante sfugge a determinati anticorpi monoclonali. I nostri risultati rafforzano l’importanza degli sforzi dei produttori per migliorare i test PCR diagnostici COVID-19 esistenti e/o per sviluppare nuovi test PCR specifici per le varianti.

Inoltre, i nostri risultati mostrano che solo una piccola frazione di campioni positivi per SARS-CoV-2 può richiedere l’analisi del sequenziamento dell’intero genoma, che è ancora fondamentale per convalidare i risultati del test PCR. Riconosciamo che l’emergere di nuove varianti contenenti mutazioni al di fuori della regione target del test PCR potrebbe, tuttavia, consentire a un test di funzionare secondo le specifiche senza essere in grado di identificare un campione SARS-CoV-2-positivo come variante. Il lavoro futuro e una maggiore esperienza in questo argomento aiuteranno a ridurre il rischio di identificazione errata delle varianti SARS-CoV-2 che è inevitabile quando si utilizzano gli attuali saggi PCR.

Titolo originale

Rapid Detection of the Omicron (B.1.1.529) SARS-CoV-2 Variant Using a COVID-19 Diagnostic PCR Assay

Ippoliti C, De Maio F, Santarelli G, Marchetti S, Vella A, Santangelo R, Sanguinetti M, Posteraro B. Rapid Detection of the Omicron (B.1.1.529) SARS-CoV-2 Variant Using a COVID-19 Diagnostic PCR Assay. Microbiol Spectr. 2022 Jul 5:e0099022.

doi: 10.1128/spectrum.00990-22. Epub ahead of print.

PMID: 35863025.